Nelle fondamenta della Basilica, fin dal 1947, viene ricavata una cripta, poi completamente trasformata e inaugurata il 19 maggio 1988.

L’insieme è molto armonico; la semplicità favorisce il raccoglimento e la preghiera. Le sue pregevoli vetrate con i santi agostiniani umbri, alternati da paesaggi locali, danno all’insieme un tocco di colore e di luce.

Nel transetto destro c’è la cappella del Miracolo Eucaristico e del Beato Simone Fidati, posti qui dall’arcivescovo di Spoleto-Norcia, mons. Antonio Ambrosiano, il 19 maggio 1988.
Sotto i pilastri, c’è l’accesso alla Sala degli ex-voto, visitabile su richiesta.

Nella Basilica inferiore si trova la tomba della Serva di Dio, la Beata Madre Teresa Fasce. Nata a Torriglia (in provincia di Genova) nel 1881 e morta a Cascia il 18 gennaio 1947, Madre Fasce dedica la sua vita a far conoscere Santa Rita, fondando la rivista Dalle Api alle Rose e attraverso opere concrete di carità cristiana come l’Alveare Santa Rita.