En los cimientos de la basílica, ya desde 1947, se realizó una cripta que luego fue completamente transformada y se inauguró el 19 de mayo de 1988.

El conjunto es muy armonioso; la sencillez favorece el recogimiento y la oración. Sus valiosos vitrales, con los santos agustinianos de la región de Umbría que se alternan con paisajes locales, le dan al ambiente un toque de luz y color.

En el transepto derecho se encuentra la capilla del Milagro eucarístico y del beato Simone Fidati, colocados aquí por el arzobispo de Spoleto-Norcia, monseñor Antonio Ambrosiano, el 19 de mayo de 1988. Debajo de los pilares está el acceso a la sala de los exvotos, que se puede visitar previa solicitud.

En la basílica inferior se encuentra la tumba de la Sierva de Dios, la beata madre Teresa Fasce. La madre Fasce nació en Torriglia (en la provincia de Génova) en 1881 y falleció en Casia el 18 de enero de 1947. Dedicó toda su vida a dar a conocer la figura de santa Rita mediante la revista “De las abejas a las rosas” fundada por ella y la realización de obras concretas de caridad cristiana como la Colmena de santa Rita.